Основа движка Godot - это узлы и их древо. Блоки могут быть самого разного назначения, от визуального изображения, до настроек звука. Сцена - это отдельная группа узлов. Она нужна чтобы структурировать элементы и не путаться. Например, можно создать отдельную сцену с узлами нашего персонажа, а после добавлять эту сцену как узел в другую.
Ты лучший!